Čtvrtině z 56 projektů, na které se zaměřil Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ), hrozí vracení části nebo celé dotace z evropských fondů. Důvodem je porušení pravidel, která musí příjemce dotace dodržovat nejčastěji pět let po dokončení projektu. Příkladem je devět regionálních center na podporu inkluzivního vzdělávání. Problematické je i financování vědeckých center, kde podmínky udržitelnosti nesplní téměř polovina z kontrolovaných projektů.